De reformatie (ook wel hervorming genoemd) is een godsdienstige beweging in de 16e eeuw (soms ook 15e eeuw onder Johannes Hus) onder leiding van Maarten Luther (Duitsland), Huldrych Zwingli (Zwitserland) en Johannes Calvijn (Frankrijk). Oorspronkelijk was de reformatie bedoeld om de katholieke Kerk van binnenuit te hervormen, maar door de afwijzing van de katholieke leiders werd zij een geheel nieuwe beweging. Zij vormden de Kerk der Reformatie, of de Gereformeerde Kerk. De invloed van de reformatie strekt(e) zich uit over vele landen en is tot op de dag van vandaag merkbaar in kerk en samenleving over een groot deel van de wereld. De zestiende-eeuwse reformatie wordt door protestanten gezien als een grote en diep ingrijpende opwekking in de kerk.
Door de rooms-katholieke Kerk werd de reformatie afgewezen en bestreden, hierbij gesteund door katholieke vorsten onder leiding van de jonge keizer Karel V. De aanhang van de hervormingsgezinden groeide echter snel, onder meer dankzij de verbreiding van de boekdrukkunst; ook voedde de reformatie de politieke tegenstellingen tussen Europese vorsten en edelen, met als gevolg verschillende godsdienstoorlogen en opstanden.
De reformatie bouwde voort op eerdere kritische bewegingen binnen de Kerk, die tot dan toe steeds effectief konden worden bedwongen. Op het Concilie van Trente (1545-1563) werd 126 keer een vervloeking (Anathema sit) uitgesproken over de aanhangers van de reformatie. Met dit concilie werd een contrareformatie ingezet, die zich onder meer richtte op verbetering van priesteropleidingen, herstel van misstanden, invloed op het onderwijs, geloofspropaganda en bestrijding van de protestantse 'ketterij'. Vooral de jezuïeten en de inquisitie waren actief in het bestrijden van de reformatie.
Men neemt vaak aan dat de reformatie met Maarten Luther begonnen is. Eigenlijk was zij al in de middeleeuwen begonnen. Aanleiding was dat de priesters dronken, gokten en dobbelden op kerkelijke feestdagen. Erasmus van Rotterdam was daar bijzonder verontwaardigd over en schreef er een boek over: "Lof der zotheid". Erasmus van Rotterdam had vooral kritiek op de geestelijkheid, niet op het katholieke geloof zelf.
Luther verzette zich echter tegen het idee dat de mens zelf zijn redding moet bewerkstelligen. Hij greep terug op de teksten van de apostel Paulus, waarin deze uitlegt dat redding voortkomt uit de genade van God, niet uit werken van de mens. Luther verzette zich daarom sterk tegen de handel in aflaten. Het grootste verschil tussen Luther en Erasmus was dat Luther kritiek had op het hele Rooms-katholieke geloof en Erasmus niet.
Het calvinisme van Johannes Calvijn zorgde voor 'de tweede reformatorische golf', nadat aanhangers van het lutheranisme van Maarten Luther de eerste vervolgingen door de Rooms-katholieke Kerk hadden ondervonden.
De Gereformeerde Kerk in de Nederlanden kende een samenvatting van haar geloofsleer in de Nederlandse Geloofsbelijdenis, opgesteld door Guido de Bres, in het jaar 1561. Voor het onderwijs in de kerken maakte men gebruik van de door Petrus Datheen vertaalde Heidelbergse Catechismus, opgesteld in 1563.
Als onderdeel van de beweging van de Reformatie ontstond in de zestiende eeuw de revolutionaire stroming van de Wederdopers. Zij werden, mede vanwege hun kritische houding ten opzichte van kerk en overheid, zwaar vervolgd, niet alleen van Rooms-Katholieke zijde, maar ook door hun mede-protestanten. In later tijd kregen zij de naam van Doopsgezinden. Een van hun leiders was de Fries Menno Simons; doopsgezinden werden naar hem wel Mennonieten genoemd.
In Nederland is er in de Gereformeerde Kerk in het begin van de zeventiende eeuw een strijd ontstaan over de leer van de predestinatie. Gomarus vertolkte het Calvinistische gevoelen, dat door Arminius werd aangevochten. Op de nationale synode van Dordrecht (1618-1619) werden de afwijkende standpunten streng veroordeeld, en de Remonstranten werden afgezet. Om de Calvinistische leer te verdedigen werden de Dordtse Leerregels (ook wel de Vijf Artikelen tegen de Remonstranten), opgesteld. Om de kerkelijke gemeenten in hun verband te bewaren en te regeren werd een Kerkenordening aangenomen, die de naam draagt van Dordtse Kerkorde.